出现在月球上的“黑色巨人”阿梅勒斯投射出朗基努斯之枪，将地球“束缚住”，仿佛在宣告世界的终结。地球遭受着前所未有的灾难。在如此混乱的局面中，“班长”洞木光驾驶着白色二号机“欧洲二型EVA”挡在真嗣和超级EVA面前。

在各种势力的意图交错之中，真嗣与绫波、探求异变原因奔赴月球的明日香、探寻Seele足迹的加持和剑介、被No.卡朵儿掳走的美里，他们抵达的地方究竟是何处？

本书将TV版动画《新世纪福音战士》第二十四集作为分歧点，呈现出该故事的另一种可能性，剧情历经十年在此复苏。